ฟุล เมทัล พานิก!

มิธริล (Mithril) องค์กรทหารลับที่ใช้เทคโนโลยีล้ำสมัยในการต่อสู้กับการปฏิบัติการของผู้ก่อการร้าย ได้มอบหมายภารกิจสำคัญให้กับทีมเฉพาะกิจ ภายใต้การบังคับบัญชาของเจ้าหน้าที่ผู้บังคับบัญชา เมลิสซ่า เหมา, จ่าสิบเอกโซสุเกะ ซาการ์ะ และเคิร์ซ เวเบอร์ จะต้องรับหน้าที่ปกป้อง คานาเมะ จิโดริ เด็กสาววัยรุ่นผู้มีความรู้ทางวิทยาศาสตร์ล้ำสมัยซ่อนอยู่โดยไม่รู้ตัวและถูกจัดว่าเป็น "วิสเปอร์ด" (Whispered) อย่างลับๆ จากสำนักข่าวกรองและองค์กรอื่นๆ ที่กำลังตามล่าความสามารถของเธอ

ในขณะที่เคิร์ซและเมลิสซ่าคอยให้ความช่วยเหลือเขาจากระยะไกล โซสุเกะได้ปลอมตัวเข้าไปเรียนที่โรงเรียนมัธยมปลายของคานาเมะในฐานะเพื่อนร่วมชั้น เพื่อคอยเฝ้าระวังเธออย่างใกล้ชิด ทว่าการเลี้ยงดูแบบทหารและความไร้ทักษะด้านสังคมของเขากลับทำให้การปรับตัวเข้ากับชีวิตพลเรือนเป็นไปอย่างยากลำบาก ไม่เพียงแต่เขาจะดึงดูดความสนใจโดยไม่จำเป็นเท่านั้น แต่การกระทำของเขายังมักทำให้คานาเมะรู้สึกเคลือบแคลงสงสัยในตัวเขาอยู่บ่อยครั้ง

แม้จะมีความตั้งใจอย่างจริงจังที่จะทำหน้าที่ให้ลุล่วง แต่การซุ่มโจมตีของผู้ก่อการร้ายก็ยิ่งทำให้ภารกิจของโซสุเกะซับซ้อนยิ่งขึ้น เมื่อตระหนักถึงตัวการใหญ่ผู้ชั่วร้ายที่อยู่เบื้องหลังการโจมตีครั้งนี้ โซสุเกะจึงตัดสินใจละทิ้งคำสั่งเพื่อความปลอดภัยของคานาเมะ