Magical Girl Lyrical Nanoha StrikerS

จอมเวทย์ผู้โดดเด่นอย่าง ทาคามาจิ นาโนฮะ, เฟท เทสตารอสซ่า และ ยางามิ ฮายาเตะ ปัจจุบันทำงานเป็นเจ้าหน้าที่ทหารให้กับสำนักบริหารกาล-อวกาศ บนดาวมิคไชลด้า หลังจากสำเร็จการศึกษาบนโลกในรอบสิบปีนับตั้งแต่เหตุการณ์ "คัมภีร์แห่งความมืด"

วันหนึ่ง ทั้งสามคนต้องเข้าไปช่วยเหลือสำนักบริหารในการรับมือกับเหตุเพลิงไหม้ครั้งใหญ่ที่สนามบิน แต่ความพยายามของพวกเขากลับไม่ได้รับการยกย่อง เหตุการณ์โชคร้ายหลายครั้งทำให้ฮายาเตะตัดสินใจสร้างหน่วยพิเศษ Riot Force 6 ขึ้นมาเพื่อจัดการกับคดีที่เกี่ยวข้องกับความปลอดภัยสาธารณะ รวมถึงวัตถุเวทมนตร์อันตรายที่เรียกว่า ลอสต์โลกิอา (Lost Logia) ที่นั่น ทั้งสามได้ทำงานร่วมกับเหล่าทหารใหม่ที่มีแววอย่าง ซึบารุ นาคาจิมา, ทีอาน่า ลันสเตอร์, คาโร รู ลูเช และ เอริโอ มอนเดียล ผู้ซึ่งต้องผ่านการฝึกฝนอันยากลำบากเพื่อทำตามความคาดหวัง พร้อมทั้งก้าวข้ามอุปสรรคและบรรลุเป้าหมายส่วนตัว

อย่างไรก็ตาม การปฏิบัติภารกิจกลับกลายเป็นการดิ้นรนอย่างต่อเนื่อง พวกเขาต้องต่อสู้กับศัตรูที่แสวงหาประโยชน์จากลอสต์โลกิอา และเผชิญกับคำวิจารณ์จากภายในสำนักบริหาร ทำให้ Riot Force 6 พบว่ากำลังพลของตนเองถูกดึงจนแทบไม่ไหว