Blue Archive the Animation

คิโวทอส เป็นมหานครสหพันธ์ที่ประกอบด้วยโรงเรียนนับพันแห่งและนำโดยสภานักเรียนทั่วไป (GSC) ซึ่งทำหน้าที่เป็นองค์กรปกครอง น่าขันที่แม้ว่าจะเป็นเมืองแห่งสถาบันการศึกษา แต่คิโวทอสกลับเต็มไปด้วยความรุนแรงจากอาวุธปืน และนักเรียนทุกคนต่างพกพาอาวุธปืนเป็นส่วนหนึ่งของชีวิตประจำวัน

ราวกับว่าวิกฤตในคิโวทอสยังรุนแรงไม่พอ ประธานสภานักเรียน GSC กลับหาตัวไม่พบ โชคดีที่ก่อนการหายตัวไปอย่างกะทันหันของเธอ ประธาน GSC ได้ขอความช่วยเหลือจากเซนเซย์—คุณครูผู้ซึ่งน่าจะเป็นคนเดียวในคิโวทอส—เพื่อช่วยเหลือเหล่านักเรียนยามที่พวกเขาต้องการความช่วยเหลือ ก้าวแรกของเซนเซย์คือการให้ความช่วยเหลือโรงเรียนมัธยมปลายอบิดอส โรงเรียนที่เคยทรงเกียรติแต่ปัจจุบันเหลือเพียงนักเรียนแค่ห้าคนเท่านั้น นักเรียนที่เหลือเหล่านี้กำลังทำทุกวิถีทางเพื่อชำระหนี้ก้อนโตเกือบหนึ่งพันล้านเยนของโรงเรียน